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1962年10月,北京市农业科学研究所正式成立植保室。


1965年,植保室建制撤销,人员分流到作物室和蔬菜室。
1972年3月,原北京市农科所各单位的植保人员与中国农科院“两所一室”到北京市的植保人员,再次组建成立植保室。全室共有科技人员30人,设8个课题组。

1973年,植保室下新设大田组、果树蔬菜组和农药组。

根据北京市农林科学院规划会议,植保室研究方向由以“粮棉植保”为主调整为“蔬菜植保为重点,兼顾果树粮棉植保”。

1975年1月28日,北京市农业科学院建制恢复。下设作物、蔬菜、林业、畜牧兽医4个研究所和新技术、植保、气象、环保4个研究室。

1978年5月,植保室中的原中国农科院“两所一室”人员回到中国农业科学院。

1978年6月,植保室改建制为植保所,下设病害、虫害和农药3个研究室。

1978年6月,环保室和气象室合并成立农业环保气象研究所。

1979年6月,植保所新成立了发酵车间筹备组,全所共14个课题组,65人。

1979年,农业环保气象研究所成立了环保一室、环保二室、气象室和环保监测站,54人。

1981年10月,植保所成立了食用菌课题组。
1983年5月,农业环保气象所下属气象室的全体人员并入我院综合研究所,其余人员组成了农业环境保护研究所,全所共41人,此后直至1984年9月与植保所合并。

1984年9月22日,院党委及院长联席会议决定:植保所和环保所合并为植保环保研究所,在编人员共115人。

2008年2月,我所进行了学科调整,确定4个学科领域为重点方向,设置了6个研究室:植物病害综合防治研究室、虫害综防研究室、生防微生物研究室、食用菌研究室、天敌昆虫研究室、农药与农田环境研究室

2015年10月,信息所养蜂研究室调整到植保环保所。

植保环保所新成立林业有害生物研究室。

2016年7月,养蜂研究室与天敌昆虫研究室合并,组建为应用昆虫研究室。

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